La Torre de los Lujanes data de la segunda mitad del siglo XV, cuando la plaza de San Salvador, como entonces se llamaba, se situaba en el eje de la vida urbana, al equidistar del Alcázar y de la puerta de Guadalajara, que sería destruida en 1580. La plaza recibía su nombre de la iglesia que la presidía y que cobró auge como sede del concejo y del regimiento a partir del siglo XIV. En ella se reunían los miembros de este organismo cuando eran llamados por la campana. En el atrio los vecinos solían tratar los asuntos comunes, mientras en la plaza se concentraba la actividad comercial. Pero cuando la familia de los Luján, un antiguo linaje aragonés proveniente de la aldea de Luján (ayuntamiento de Muro de Roda, partido judicial de Boltaña, en Huesca) se instaló en la plaza de San Salvador, ésta era el centro de la ciudad.
La historia sobre la estancia en la Torre de Francisco I no ha contado nunca con el beneplácito unánime. Pero la leyenda existía, y hasta quedó recogida por Lope de Vega en una carta cuando escribió: "Yo nací en Madrid, pared por medio de donde puso Carlos Quinto la soberbia de Francia entre dos paredes". Lope de Vega había nacido en una casa de la calle Mayor esquina a la plaza de San Salvador, pared con pared con la Torre de los Lujanes.
Recogía así Lope de Vega una tradición que tenía también sus fundamentos eruditos, como el de un religioso de nombre desconocido que en 1612, en una Relation d'un voyage en Espagne, aludió a una "Tour fort ancienne. Carrée, fort haulte, a peu fenestres et la porte murée", torre en la que estuvo Francisco I y que bien podría ser la Torre de los Lujanes. El cronista del rey, Gil González Dávila, en su Teatro de las Grandezas de la Villa de Madrid, o el notario de la Inquisición Jerónimo de la Quintana en su Historia de la antigüedad, nobleza y grandeza de la villa de Madrid, el jesuita Claudio Climent o Alonso Suárez de Alarcón, se refirieron sin equívocos a la estancia del rey francés en la Torre de los Lujanes.
Es cierto que cuando Francisco I fue derrotado y hecho prisionero en la batalla de Pavía, Carlos V, que se hallaba convaleciente de una enfermedad en Madrid, ordenó que se le hiciera llegar a la ciudad y se adecentara y aprovisionara el Alcázar para que fuera custodiado allí. Francisco I emprendió un largo viaje desde Italia, deteniéndose en Nápoles, Barcelona, Tarragona, Valencia, Guadalajara y Alcalá de Henares. En aquellos momentos, el Alcázar de Madrid no era un palacio, sino un edificio de utilidad estrictamente militar. Los reyes nunca se alojaban en él cuando estaban en Madrid, sino en casas particulares de allegados. Es probable que cuando Francisco I llegó a Madrid el Alcázar no estuviera todavía preparado y que fuera uno de sus guardianes, Hernando de Alarcón, quien decidiera alojarle provisionalmente en alguna de las casas de la ciudad. La familia de este Hernando de Alarcón tenía amistad con los Lujanes, y la casa de estos reunía una serie de requisitos imprescindibles para tal cometido, además de la propia dignidad de la familia, que la hacían idónea para ello, como el estar dentro de la muralla y la cercanía al Alcázar.
En este siglo, la casa pasó por diferentes ocupantes. En 1846, por ejemplo, como escribe Francisco Olmos, la ocupaban un pintor de cámara de Su Majestad, un capitán del ejército retirado, un propietario y gentilhombre de cámara del rey, un tratante de leña y carbón, un empleado de la administración, un lavandero y un sirviente, además de dos confiteros, uno de los cuales había sido ya padre de quien sería años más tarde famoso compositor, Federico Chueca.
En 1854 el Ayuntamiento aprobó un plan de alineación de la plaza de la Villa con el que pretendía ampliarse y acondicionar la calle del Codo para que pudieran pasar los carruajes, un plan que afectaba de lleno a la Torre. Su dueño, el conde de Oñate sostuvo que, dado el mal estado en que se encontraba la Torre, era mejor derribarla y construir otra.
Sin embargo, en 1859 el marqués de la Vega de Armijo obtuvo de la Reina una Real Orden que eximía a la Torre de la alineación, prohibía hacer cualquier obra que pudiera afectarla por considerarla "gloria nacional", e instaba a las autoridades para que la adquirieran.
El Estado compró los edificios cuando estaban a punto de sucumbir a la piqueta, dado su lamentable estado de conservación. Se hicieron reformas en el edificio, aunque con escasa consideración a su carácter histórico. La fachada de la Torre fue enfoscada y se adornaron las cornisas y ventanas, al tiempo que se le colocaban unas almenas de cartón.
En 1866, el presidente de la Real Academia de Ciencias Morales y Políticas, Lorenzo Arrazola, consiguió del marqués de la Vega de Armijo la Real Orden que asignó a la Real Academia de Ciencias Morales y Políticas parte de la Torre y Casa de los Lujanes. La nueva sede, que habría de convertirse en definitiva, fue compartida inicialmente con la Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales y con la Real Sociedad Económica Matritense de Amigos del País, que se acomodaron en la planta baja.
(V. José M. de Francisco Olmos, La Torre de los Lujanes: la fuerza de la historia y José Cepeda Adán y José M. de Francisco Olmos, La Torre de los Lujanes, sede de la Real Academia de Ciencias Morales y políticas: una leyenda que salva un monumento)